Jego wspólnoty nie były zaplanowane przy biurku, ale zaczęły się rozwijać krok po kroku, w zależności od sytuacji, po święceniach kapłańskich Filipa Neri. Najpierw było to duchowe towarzyszenie poszczególnym osobom, następnie powstawały grupy modlitewne pogłębiające życie wiary przez rozważanie Pisma Świętego, pism Ojców Kościoła, żywotów świętych…). Wreszcie pojawiła się konieczność posiadania wystarczającej liczby współpracowników dla większej liczby grup modlitewnych w różnych miejscach. To doprowadziło do pierwszych święceń kapłańskich w Oratorium. Oratorianie są zatem, zgodnie z duchem początków, przede wszystkim duchowymi i organizacyjnymi opiekunami „oratoriów”, czyli grup wiernych, które regularnie spotykają się na wspólnej modlitwie i pogłębianiu wiary. W artykule 3 Konstytucji Kongregacji Oratorium św. Filipa Neri ukazane jest, jak powinno również dzisiaj wyglądać specyficzne duszpasterstwo oratoriów: Oratorium od swego początku zawiązało się w celu poufałego obcowania ze Słowem Bożym oraz dla wspólnej modlitwy myślnej i ustnej, dzięki którym wzrastał u wiernych duch kontemplacji i umiłowania spraw Bożych (K 3).
b) Prymat duchowości nad strukturami prawnymi
Św. Filip nigdy nie walczył z istniejącymi strukturami Kościoła, a jednak był niezwykle zaangażowany w duchową odnowę Rzymu i całego Kościoła. Duszpasterstwo zawsze rozpoczynał we własnym sercu i kontynuował poprzez kierownictwo duchowe poszczególnych wiernych. W ten sposób stał się reformatorem dla wielu ludzi. Niezwykle ważną rolę odgrywa tu formowanie jego wspólnoty kapłańskiej. Zgodnie z wolą Filipa Neri, napisane jest również w obecnych Konstytucjach: Kongregacja Oratorium oparta jest tylko na związku miłości wzajemnej i nieskrępowana żadnymi węzłami ślubów, przysiąg czy podobnego rodzaju przyrzeczeń; spójnię jej stanowi jedynie więź miłości (K 9). Skąd takie luźne przywiązanie poszczególnych członków do wspólnoty? Czyż ściśle zorganizowane zgromadzenia zakonne nie są skuteczniejsze – czyż nie osiągnęły znacznie większego zasięgu działania? – Statystycznie to prawda. Ale można też wskazać dobre argumenty dla modelu św. Filipa Neri: nie chciał on zakonu o ogólnoświatowych strukturach (por. jezuici…). Zgromadził wokół siebie mężczyzn, którzy byli całkowicie otwarci na Boga i gotowi radykalnie żyć wiarą. Ojciec Filip bardzo szanował wolność każdego człowieka – w tym swych współbraci. Nie chciał nikogo wiązać przyrzeczeniami w sumieniu, ale każdy współbrat, czy to kapłan, czy świecki, miał ciągle na nowo wybierać to, co jest większą miłością, albo pójść własną drogą. Filip odrzucił klasyczne trzy śluby jako prawne zobowiązanie, ale w praktyce życia wspólnotowego wymagał bardzo wysokiego stopnia posłuszeństwa, pokory, prostoty itd. Przywodzi to na myśl znany okrzyk św. Pawła: I gdybym rozdał na jałmużnę całą majętność moją, a ciało wystawił na spalenie, lecz miłości bym nie miał, nic bym nie zyskał (1 Kor 13, 3). Oczywiście w konsekwencji można było stosunkowo łatwo opuścić Oratorium, mimo to jednak Filip wolał mieć małe wspólnoty, ale takie, które będzie w pełni ożywiać i podtrzymywać życie duchowe.